روند داستان بازی Assassin’s Creed III: Complete Edition بسیار پر فراز و نشیب است. بازی آغازی کسل کننده و کند دارد اما با وارد شدن اولین شوک بازی در مورد پدر کانر ، داستان بازی روند مثبتی در پیش می گیرد. داستان بازی دوران کودکی و نوجوانی کانر و چگونگی تبدیل شدنش به یک اساسین حرفه ای را بسیار ناقص و الکن روایت می کند. در ادامه بازی نیز ، داستان روند سطحی خود را ادامه می دهد. چگونگی آشنایی کانر با سران لیبراسیون ها و همراهی وی با آن ها بسیار سطحی روایت می شود. حوادث و اتفاقات بعدی داستان از جمله ملاقات کانر با پدرش و مجادله های کانر با تمپلار ها نیز بودن منطق روایی است و تمامی حوادث پایانی داستان بدون هیچ مقدمه ای روی می دهند و به هیچ عنوان وقایع داستان حسی را به بازی کننده منتقل نمی کنند. از دیگر ضعف های پردازش داستانی بازی می توان به نبود شخصیت زن در بازی اشاره کرد. در نسخه های پیشین شخصیت های زن ، نقش موثری در جذابیت و سیر وقایع داستان ایفا می کردند و نبود شخصیت زن در بازی ، هم به روند داستان و هم به شخصیت پردازی کانر آسیب می رساند.